1、油水界面的控制問題
三相分離器沉降段的油水界面是否合理將直接影響油中含水、水中含油和油、水中含氣量等指標。當油水界面過低時，雖原油停留時間延長，可改善脫水效果，但同時會造成出水含油高。油水界面的調節主要依靠手動調節水室液位調節筒。合理的油水界面通過現場調試，找出出油含水、出水含油指標隨調節筒高度的變化規律，進而確定油水指標最佳的調節筒高度，最佳的油水界面位置隨即確定。當油井來液物性發生變化時，需重新測試調節界面位置。2012年4月27日，坨二站計量工發現采油3隊分離器出油含水在30%以上頻繁大范圍波動，同時，分離器出油量、出水量、分離器運行壓力出現頻繁大范圍波動，而分離器處理總液量和氣量平穩，未出現異常。在排除采油隊來液問題后，清洗濾器、質量流量計，調節出油、出水反爾、分離器液位，調整破乳劑的投加量，均未解決問題。最終坨二站停運該分離器，進該分離器沉降段和水室檢查，得知水室液位調節筒和調節筒的一根支撐變形，與虹吸管脫離，故通過水室液位調節閥無法進行液位調整，以此得出：分離器運行不正常的原因是水室液位調節筒變形，與虹吸管脫離。
2、液位自動調節機構問題
分離器正常運行過程中，油、水室液位是通過出油凡爾和出水反爾實現自動調節，但目前由于液位自動調節機構存在以下幾大問題，對分離器運行產生影響。（1）浮子連桿機構強度不夠。
坨二站三相分離器均是自投產之日長時間連續運行，浮子連桿機構易出現彎曲，從而造成油腔、水腔出現假液位或分離器閥卡死的現象。（2）浮子腐蝕穿孔或脫落。長期在油、水中浸泡，浮漂易腐蝕穿孔導致浮子浮不起來，甚至出現脫落現象，從而使出油、出水凡爾喪失液位調節功能，檢查不及時會使三相分離器運行異常。（3）出油、出水凡爾閥芯活動不靈活或閥芯、閥座腐蝕、結垢雜物堵塞等，易造成氣管線進液或油、水中帶氣等事故。
3、分離器底部積砂問題
三相分離器運行過程中，容器底部沿液流方向會有不同程度的積砂，尤其是沉降段積砂更為嚴重。大量積砂造成分離容積變小，縮小了沉降時間，甚至阻礙液體的正常流動，最終導致三相分離器無法正常運行。
4、磁翻板式液位計冬季易凍結的問題
坨二站三相分離器目前運行6臺，共安裝9套磁翻板液位計，分別顯示分離器的油室和水室的液位，是分離器安全正常運行的主要設備。在冬季運行時，為防凍堵，原設計為電伴熱保溫。由于分離器區域為重點防火區域，用電伴熱存在較大安全隱患。同時，電伴熱每年連續運行4個月，耗電量較大。